Apple Computer Inc. yaşam bilimleri için yüksek performanslı bilgi işlemde oynayacak bir rolünüz var mı?
Apple'ın masaüstü sistemleri, kullanım kolaylığı, yüksek performansı ve uygun fiyatı nedeniyle yıllardır bilim camiasında geniş çapta benimseniyor. Yine de günümüzde en ciddi yaşam bilimi hesaplamaları, diğer satıcıların bilgisayarlarında yapılmaktadır.
Apple bunu bir iki yumrukla değiştirmeye çalışıyor: geçen yıl duyurulan (ve yakın zamanda yükseltilen) Mac OS X yazılımı ve Xserve donanım sistemleri.
Cupertino, California merkezli şirket, Xserve'i Dell Computer Corp., IBM Corp. ve Sun Microsystems Inc.'in üst düzey sunucularıyla rekabet edecek şekilde konumlandırıyor. Xserve, Apple'ın 1 GHz PowerPC G4 işlemcileri üzerine kurulmuştur ve Mac OS X işletim sistemi Unix tabanlıdır. Apple, kombinasyonun kullanıcılara karakteristik kullanım kolaylığı özelliklerini, ancak bir tekme ile verdiğini iddia ediyor.
Sunucu, tek veya çift işlemcili sürümlerde gelir. Apple, çift işlemcili bir Xserve'in 15 gigaflop'a kadar (veya saniyede 15 milyar kayan nokta işlemi) işlem gücü sağlayabileceğini söylüyor.
Xserve, standart bir 8 fitlik veri merkezi ekipman rafında bir yuva alacak şekilde tasarlanmıştır. 42 adede kadar çift işlemcili Xserve makinesi tek bir rafta istiflenebilir ve 630 gigaflop'a kadar işlem gücü sağlar. Ek olarak, her Xserve bir terabaytlık verinin yarısından (0,48) biraz daha azını depolayabilir; 42 birimlik bir raf, 20 TB'tan fazla depolamayı destekleyebilir.
Değişen Algılar
Yıllar geçtikçe Apple, destekçilerinin Apple ve Mac ürünlerine yönelik taleplerini almasını kolaylaştırmadı. kurumsal BT personeli tarafından ciddiye alınır — birçok araştırmacının Mac olduğu yaşam bilimi şirketlerinde bile meraklılar
Xserve ve Mac OS X ile Apple, deneyimli BT yöneticilerinin gereksinimlerine aynı anda saygı gösterirken kullanım kolaylığı konusundaki itibarını korumak için büyük çaba sarf etti.
Bir örnek: Unix'e aşina olmayanlar için Apple, genel görevleri gerçekleştirmeye yardımcı olacak bir grafik kullanıcı arabirimi yönetim konsolu ve sihirbazlar sunar. Bu birleşim, yöneticilerin yazıcı ekleme gibi bir süreçte basitçe tıklamalarına olanak tanır. ağ, altta yatan sistem ise yazıcı sürücülerinin yüklenmesi ve ağ.
Bu tür kullanımı kolay yaklaşımlar, acemiler ve üst düzey ağ oluşturmaya aşina olmayan diğerleri için iyidir, ancak daha deneyimli yöneticiler için GUI'ler yardımcı olmaz ve onları gerçekten yavaşlatabilir. Bir yaşam bilimleri ağı yöneticisi, "En yaygın Unix talimatlarının komut satırı girişlerini çocuklarımın doğum günlerinden daha iyi biliyorum" diyor. "Komut satırı girişleri benim için sezgisel. Onları yıllardır kullanıyorum. Grafik arayüz benim için sezgisel değil. Windows DOS'un yerini aldığında, çoğu insan aşağıdaki gibi basit görevleri yapmak için DOS komut satırına geçerdi: o zamanlar Windows'un yaptığı karmaşık yol gibi görünen şeylerden geçmek yerine dosyaları taşımak ve kopyalamak görevler."
Apple, kredisine göre, Unix kullanıcılarının mutlaka bir GUI'ye atlamayacağını kabul etti, bu nedenle bir komut satırı arabirimi ekledi. Ve şirket, Unix sistemlerinde bulunan aynı ekran renk şemasını kullanmaya kadar, komut satırı arayüzünü tam olarak kopyalayarak Unix sadelik yanlılarını kazanmaya çalıştı.
Bazı uzmanlar, Apple'ın doğru kombinasyonu bulduğuna inanıyor. Boston merkezli BioTeam'in üç kurucusundan biri olan William Van Etten, "Mac OS X üzerinden hem Mac hem de Unix uygulamalarına erişiminizin olduğu ideal bir ortam" diyor. Net, yaşam bilimi şirketlerine satıcıdan bağımsız bilişim çözümleri oluşturmaya ve sunmaya odaklanan bir danışmanlık grubudur.
Uygulama Anahtarı
Apple platformunun kabul edilmesinin bir anahtarı, uygulama desteğidir ve olmuştur. Geçmişte Apple, donanımı için geleneksel PC ve önce DOS'ta, ardından Windows'ta çalışan sunucular için mevcut olduğu kadar geniş bir uygulama grubuna sahip olmadığı için eleştirildi.
Bu nedenle, erkenden Apple, yaşam bilimlerine hizmet eden üst düzey uygulama satıcılarından Xserve desteğini sıraladı. Örneğin, Xserve donanımının duyurulmasıyla aynı zamana denk gelen Apple, veritabanı satıcıları Oracle Corp. ve Sybase Inc. ile dağıtılmış bilgi işlem yazılımı geliştiricisi Platform Computing Inc. makineyi destekliyordu.
Oracle, Oracle9i Veritabanının bir Mac OS X sürümünü ve kümelemesinin bir sürümünü sunacağını duyurdu Oracle9i Real Application Clusters adlı yazılım, kullanıcıların Xserve birimlerini bir küme. Platform Bilişim A.Ş. şirketlere, Platform LSF iş yükü yönetimi yazılımı aracılığıyla Xserve bilgisayarlarını dağıtılmış bir bilgi işlem ağında kullanmanın bir yolunu vereceğini söyledi.
Yaşam bilimi topluluğu içinde Mac OS X uygulamalarına ilgi yüksektir. BLAST ve HMMER gibi yaygın olarak kullanılan bilişim analiz programlarının çoğu, işletim sistemine taşınmıştır ve Apple ve diğer kaynaklardan kolayca temin edilebilir.
Diğer satıcılar, ürünlerini Xserve ve Mac ortamına getirmek için Mac OS X'in Unix özelliklerinden yararlandılar.
Örneğin bu yaz, dağıtılmış bilgisayar yazılımı satıcısı TurboGenomics Inc. BLAST programının dağıtılmış bir ortamda çalışacak şekilde optimize edilmiş bir sürümü olan dizi analizi TurboBLAST ürününün Mac OS X sürümünü yayınladı. Ve şirketin yeni TurboBench gelişmiş dağıtılmış bilgi işlem yazılım platformu, bilim adamlarının çalışmasına olanak tanır. dağıtılmış bir ortamdaki uygulamaların iş akışlarını otomatikleştirmelerini sağlarken, Mac OS X düğümlerini destekler.
TurboGenomics'in operasyonlardan sorumlu başkan yardımcısı Andrew Sherman, "[Mac OS X'in] Unix çekirdeğinden hızla yararlandık ve üzerine TurboBLAST koyduk" dedi. Süreç oldukça basitti. "Unix'e aşina olan insanlar herhangi bir sorun yaşamamalı. Taşımayı çok kolay bulduk.”
TurboGenomics, donanımla da ilgilendi. Sherman, "Bilimsel bir bilgi işlem geçmişinden geldik ve G4 işlemcinin yaşam bilimleri için çok faydalı olacak özelliklere sahip olduğunu erken fark ettik" dedi. "İnsanların biyoenformatikte yaptığı pek çok şeyin işlemci ve işletim sistemiyle iyi bir uyum içinde olduğu ortaya çıktı."
Bu yılın başlarında, Apple ve Genentech Inc. BLAST'ın optimize edilmiş bir sürümünü geliştirmek için G4'ün vektör işleme yeteneklerinden ve Mac OS X'in özelliklerinden yararlandı.
Bu yaz, Numerical Algorithms Group Inc. (NAG), Mac OS X için bir derleyici yayınladı. Yazılım satıcısının başkanı Rob Meyer, "Bu, yaklaşık 10 yıldır ilk yeni Mac ürünümüz" dedi. "Unix ve Linux için derleyicilerimiz vardı, ancak bu Mac OS X için bir ilkti."
Meyer'in şirketi, derleyicilerinin yanı sıra görselleştirme ve istatistiksel analiz yazılım paketleri de dahil olmak üzere çeşitli uygulamalar satmaktadır. Uygulamaların çoğu üst düzey PC, Unix, Alpha ve Sun bilgisayarlarında çalışır.
Öyleyse neden Mac arenasına taşındınız ve neden şimdi? Meyer, yenilenen ilgiyi Apple'ın kendi içindeki çeşitli faktörlere bağlıyor. Apple, şirketi güçlü tutmak için yıllarca üç pazara baktı: K-12 eğitimi, masaüstü yayıncılık ve ev kullanıcıları. Ve pek çok bilim adamı Mac'lerini sevse de, geliştiriciler Apple'ın tamamen arkalarında olduğu hissine kapılmadılar.
Meyer, "Apple içerdekilerden bilimsel ve teknik bilgi işlemin önemli olduğunu ancak birinci kademede olmadığını duyardık" dedi. Geliştiriciler için daha da kötüsü, "Apple'dan yardım gelmez" diyor. "Kendi ekipmanınızı satın almanız ve uygulama geliştirmenin maliyet ve risklerine katlanmanız gerekir."
Ancak durum geçen yıl kökten değişti. Meyer, "Artık daha fazla destek alıyoruz" diyor. "Bu, ekipmanı ödünç verdikleri ve pazarlamaya yardımcı oldukları" yarı yolda buluş "yaklaşımıdır."
Geliştiriciler artık kesinlikle Apple pazarına dikkat ediyorlar. Apple'ın Mac OS X direktörü Ken Bereskin, "Bugün Mac OS X için yaklaşık 3.500 yerel uygulama var" dedi. "Bu, popüler Mac uygulamalarını ve [işletim sisteminde] çalışmak üzere taşınan diğer birçok uygulamayı içerir." Neredeyse ofis üretkenlik ürünlerinden üst düzey bilgisayar destekli tasarıma kadar her tür uygulama temsil edilir programlar.
Güzel oynamak
Apple, Mac OS X ile uygulama geliştirme tarafında birlikte hareket ederken, yaşam bilimleri pazarına tam anlamıyla girebilmek için bir zayıf algıyı daha aşması gerekiyor. Spesifik olarak, potansiyel kullanıcıları ürünlerinin kurumsal ağlara sorunsuz bir şekilde uyacağına ikna etmelidir.
Uzun yıllar boyunca, neredeyse herkes ağ protokolleri için Novell Inc.'in NetWare IPX'ini ve ardından TCP/IP'yi kullanırken, Apple, AppleTalk adlı tescilli bir protokol kullandı.
Yalnızca Apple ürünlerini kullananlar için AppleTalk harikaydı: Buna dayalı ağların kurulumu ve yönetimi kolaydı. Ancak bir AppleTalk ağındaki bilgisayarların şirket ağındaki diğer bilgisayarlarla iletişim kurmasını sağlamak son derece zordu.
Bununla birlikte, birkaç yıldır Apple, bilgisayarları ağa bağlamak için standartlara dayalı yöntemleri desteklemektedir. Şirketin bilgisayarları, standart donanım olarak bir Ethernet jakı ve kurumsal ağlara dahil edilmelerini kolaylaştıran tam TCP/IP desteği içerir.
Apple kısa süre önce bir adım daha ileri gitti: Mac OS X Jaguar'ın en son sürümü, aşağıdakiler de dahil olmak üzere birçok üst düzey yönetim işlevi içeriyor: diğer platformlardaki mevcut LDAP sunucularından yararlanmayı kolaylaştıran hafif dizin erişim protokolü (LDAP) desteği cihazlar. LDAP desteği, BT personelinin bir ağı yönetmek için harcaması gereken zamanı azaltabilir. Örneğin, ağın başka bir bölümü veya başka bir ağ ekipmanı parçası için kullanıcı erişim hakları ve ayrıcalıkları zaten tanımlanmışsa, ve bu bilgiler bir LDAP dizininde saklanır, BT personelinin bu bilgileri yeniden girmesi gerekmez — Mac OS X çalıştıran Apple sistemleri, bilgi.
Ayrıca Jaguar, bilgisayarları yapılandırmayı ve bunları kullanmak için ayrıcalıklar vermeyi kolaylaştıran yeni bir çalışma grubu yöneticisi içerir. İşletim sisteminin önceki sürümündeki bazı uzaktan yönetim araçlarıyla birleştirilen bu yeni işlevlerin tümü, Apple ürünlerinin BT personeli tarafından kabul edilmesi için kritik öneme sahiptir.
Charles, "Sistemler mevcut bir ağa yerleştirilecekse, bu tür işlevler çok önemlidir" diyor. Boatwright, Uzaktan Yönetim Danışmanlığı başkanı, Linux ve Unix uzmanlığına sahip bir sistem entegratörü kümeler. "Yöneticiler, kendilerine herhangi bir zamanda sunucularının durumu hakkında bilgi veren ve bir sunucuyu kapatmadan önce olası sorunlara karşı uyarı sağlayan araçlara ihtiyaç duyar. Ayrıca sorunları bir kez ortaya çıktıklarında gidermelerine yardımcı olacak araçlara da ihtiyaçları var.”
Xserve, tüm bu gereksinimleri karşılıyor gibi görünüyor. Yöneticiler, bir ağ üzerinden Xserve'in yönetim sistemlerine güvenli bir şekilde erişmek için bir tarayıcı kullanabilir. Yönetici, tarayıcıdan sunucunun durumunu görüntüleyebilir, performans (CPU kullanımı, disk alanı kullanılabilirliği vb.) ve hangi uygulamaların çalıştığını not edebilir.
Ek olarak, yönetim araçları, cihazın iç sıcaklığı gibi şeyleri izleyerek olası sorunları önleyebilir. sunucu ve soğutma fanlarının performansı, her ikisi de aşırı ısınmayı önlemenin anahtarıdır ve bunun sonucunda çöküyor.
Bir sunucu satıcısından alınan bu tür araçlar yararlıdır, ancak birçok yönetici, ağlarındaki tüm cihazları denetlemek için tek, daha yüksek düzeyli bir yönetim sistemi kullanmayı tercih eder. Bu amaçla Apple, makinenin yaygın olarak kullanılan HP OpenView yönetim yazılımı aracılığıyla yönetilebilmesi için Xserve duyurulmadan önce Hewlett-Packard Co.'dan destek aldı.
Bu, bir yöneticinin, aralarında Apple'ın Xserve'inin de bulunduğu birden çok satıcının yönlendiricileri, anahtarları ve sunucuları dahil olmak üzere bir ağdaki tüm aygıtları izlemek ve yönetmek için HP OpenView kullanabileceği anlamına gelir. Bağımsız bir ağ danışmanı olan William Perkins, "Bu, işleri büyük ölçüde basitleştiriyor" diyor. "Genellikle şirketler, tüm ağlarına göz kulak olmak için daha üst düzey yönetim sistemleri kullanır. Sunucu gibi bir cihazda bir sorun ortaya çıkarsa, cihaz bilgileri bir sistem yöneticisinin sorunu tanımlayabileceği bir yönetim konsoluna iletir."
Kalan problemler
Apple'ın üstesinden gelmesi gereken son bir zorluk, Apple çözümlerinin pahalı olduğu algısıdır.
Bazen, belki de haksız yere, Mac OS X'in özelliklerinden yararlanmak isteyen yöneticiler, onu çalıştırmak için Apple veya Mac donanımı satın almaları gerektiğinden, fiyatının yüksek olduğuna inanırlar. Buna karşılık, örneğin zaten Windows NT kullanıyorlarsa, Windows, Linux veya Unix'in farklı bir sürümüne geçmenin maliyeti yalnızca bir yazılım yükseltmesidir.
Bu arada, bazı araştırmacılar başka bir endişe daha belirlediler: sistemdeki biyoinformatik kriterlerin olmaması. (Basın zamanında, bağımsız kıyaslama testleri mevcut değildi.) Bazı araştırmacılar, üretim öncesi makinelerde BLAST'ın kıyaslama testlerini yürüttüler, ancak sonuçları paylaşmak konusunda isteksizler.
Kalan sorunlara rağmen, Xserve yaşam bilimleri piyasasının ilgisini çekiyor gibi görünüyor.
North Carolina Supercomputing Center'ın baş mimarı Phil Emer, "[Xserve makinelerinin] tüm ızgaralarını görmemiz pek olası değil" diyor. "Aksine, Xserve kümelerinin ızgaralara dahil edildiğini görmemiz olasıdır." Emer, üye okullarından birinden mevcut şebekeye 50 düğümlü bir Xserve sistemi ekleme talebi aldığını belirtiyor.
Emer, Van Etten ve diğerleri geleneksel olarak konuşlandırmanın öncüsü olmuştur. Apple'ın son çabalarını kabul etmeleri, şirketin gerçekten de üst düzey bilişim pazarında oynayacak bir rolü olabileceğini gösteriyor.