(Dla nowicjuszy w tej kolumnie Forward Migration to nasze określenie firm przenoszących się z komputerów Wintel na komputery Mac — lub przynajmniej dodających lub zwiększających liczbę używanych komputerów Mac. Zestaw migracji do przodu to przegląd produktów Mac OS dla określonego zawodu, takiego jak stomatologia, księgowość itp.)
To trzecia i ostatnia część naszej serii poświęconej oprogramowaniu biotechnicznemu na platformę Mac. Wspomniane produkty zostały znalezione w Przewodniku po produktach Macintosh firmy Apple (nieocenione źródło informacji, z którym warto się zapoznać) lub przesłane do nas przez czytelników MacCentral.
ImaGene z Odkrycie biologiczne to oprogramowanie do analizy obrazu dla rynku chipów DNA. Analizuje obrazy zeskanowanych macierzy DNA, które są drukowane na nylonowych membranach lub szklanych szkiełkach.
Sekwencja od Gene Codes Corp. to pakiet oprogramowania do sekwencjonowania i analizy DNA. Jest na Macu od 10 lat.
SeqPup to edytor i program do analizy sekwencji biologicznych. Zawiera łącza do usług sieciowych i zewnętrznych programów analitycznych.
Sygnały i systemy dla Mathematica przez Wolfram Research Inc. analizuje sygnały, projektuje filtry i wykonuje rutynowe operacje przetwarzania sygnału. Wbudowane narzędzia upraszczają zadania obejmujące transformacje liniowe, standardowe reprezentacje sygnałów i wizualizację. Wykonuje algebraiczne manipulacje na sygnałach i systemach w celu wyprowadzenia, analizy, ulepszenia i wdrożenia nowych algorytmów.
Oprogramowanie sterujące pompą strzykawkową SoftPump firmy Światowe instrumenty precyzyjne zapewnia graficzny interfejs użytkownika do definiowania protokołów wprowadzania płynów do zwierząt laboratoryjnych i ich ekstrakcji.
Spike2 dla komputerów Macintosh firmy Projekt elektroniczny Cambridge przechwytuje dane zdarzeń i przebiegów na dysk twardy z równoczesnym wyprowadzaniem impulsów sterujących, kroków, ramp i fal sinusoidalnych. Elastyczne środowisko analityczne umożliwia korzystanie z wielu okien zarówno dla surowych, jak i przetworzonych danych, przy jednoczesnym gromadzeniu i analizie danych. Opcje przetwarzania skoków obejmują histogramy i korelacje INTH, PSTH i RATE.
StrainMan wg Firma Caesar Software Sp pomaga zapewnić dobrze zorganizowany i kompleksowy opis cech każdego szczepu, łatwo wyszukiwanie informacji o szczepach i możliwość publikowania bazy danych szczepów w sieci Worldwide Web.
Swiss-PdbViewer to aplikacja, która zapewnia przyjazny dla użytkownika interfejs pozwalający na analizę kilku białek jednocześnie. Białka można nakładać na siebie w celu wydedukowania dopasowania strukturalnego i porównania ich miejsc aktywnych lub innych odpowiednich części.
Vector NTi to zintegrowana baza danych i program analityczny dla biotechnologii i biologii molekularnej, w tym przeszukiwanie baz danych DNA, białek, struktur 3D i nie tylko. Jest dystrybuowany przez InfoMax, którzy opracowali również bezpłatne narzędzie do wyświetlania wektorów DNA o nazwie Vector NTi Viewer.
Kolekcja CD Visible Human autorstwa Systemy badawcze to cyfrowe odniesienie fotograficzne do badania anatomii człowieka, wyposażające badaczy medycznych, praktyków i nauczycieli. Ponad 20 000 wycinków obrazu ludzkiego mężczyzny i kobiety jest skompresowanych w celu wygodnego dostępu na dwóch płytach CD-ROM.
Różnorodny
Naszą serię zakończymy komentarzami i zapowiedziami produktów od czytelników MacCentral.
PE ABI tworzy syntezator peptydów działający na komputerze Mac. Jednak według Daniela Harringtona jest to „zabawna maszyna”.
„Z tego, co możemy powiedzieć, działa przez połączenie typu modem (używali tego samego oprogramowania i interfejsu przez bardzo długi czas)” – powiedział. „To zabawne, że najnowszy PMac jest dostarczany z systemem — to naprawdę przesada. Niezależnie od tego, ta maszyna jest absolutnym standardem syntezy peptydów i jest niezwykle użyteczna dla ludzi, którzy badają te cząsteczki. Oszczędza to ogromną ilość czasu na syntezę.”
Kilka osób jest również podekscytowanych nowymi możliwościami systemu Mac OS X w systemie UNIX i tym, co umożliwią one w odniesieniu do oprogramowania naukowego dla komputerów Mac.
„Kilka miesięcy temu próbowałem kupić komercyjny program do analizy sekwencji molekularnych, ale zakup na szczęście się nie powiodło, ponieważ firma nie mogła zapewnić lokalnego dystrybutora w Tajlandii” – powiedział Rudi Grams MacCentral. „Teraz Mac OS X daje mi możliwość uruchamiania oprogramowania opartego na systemie UNIX, które może wykonać to samo zadanie, co pakiet komercyjny, ale za darmo”.
Zachęca zainteresowanych do zapoznania się z ww Pakiet programów EMBOSS. Nie wspomniano o kompatybilności z systemem Mac OS X, ale Grams powiedział, że ma go uruchomionego na swojej kostce, chociaż jego poprawna instalacja zajęła trochę czasu.
W rzeczywistości, teraz, gdy Mac OS X wyszedł, różne inne pakiety — tradycyjnie zarezerwowane dla wysokiej klasy serwerów UNIX — zostały przeniesione/skompilowane, jak nam powiedziano. Spośród nich BLAST jest prawdopodobnie najbardziej znanym. Wu-blast i NCBI-blast zostały przeniesione i/lub skompilowane czysto z kodu źródłowego. Bill van Etten przeportował również hmmer (który szuka domen w sekwencji) oraz zestaw narzędzi NCBI (który zawiera również NCBI-blast). Inne pakiety można znaleźć w Repozytorium oprogramowania Softrak firmy Stepwise, w sekcji naukowej OS X.
Jan Morren z Labo Moleculaire en Vasculaire Biologie powiedział, że ich oprogramowaniem do obsługi arkuszy kalkulacyjnych jest DeltaGraph, a nie Excel, ponieważ ten pierwszy lepiej radzi sobie z tworzeniem wykresów do publikacji.
„Niektórzy z nas nadal używają SigmaPlot, ale nie obsługuje on nowszych wersji systemu Mac OS” — powiedziała.
Ted Sobel, główny architekt oprogramowania ds Geodezja elektryczna powiedział, że używają komputerów Mac jako podstawy dla ich gęstego systemu EEG. Dona Briggsa powiedział, że opracowuje aplikację do analizy danych odpowiednią dla cytometrii przepływowej. Jest to aplikacja Cocoa/Objective-C.
Niestety, niektórzy czytelnicy donieśli też nieco zniechęcające wieści. Firma Applied Biosystems (wcześniej znana jako Perkin-Elmer) dostarczyła sekwenatory DNA oparte na komputerach Mac i inny wysokiej klasy sprzęt do biologii molekularnej z Komputery Mac do ich uruchamiania oraz oprogramowanie Mac do analizy danych (w tym sekwencjonowania DNA, analizy fragmentów DNA, ilościowego PCR i starterów) projekt). Chociaż nadal obsługują ten sprzęt i oprogramowanie, cały ich nowy sprzęt korzysta z oprogramowania Windows NT, według Daniela E. Sabath, doktor medycyny, Wydział Medycyny Laboratoryjnej Uniwersytetu Waszyngtońskiego.
Zdaniem Robina Colgrove'a, naukowca medycznego i wieloletniego użytkownika komputerów Mac i UNIX, ta zmiana była „największą pojedynczą stratą w ciągu ostatnich kilku lat”. Powiedział MacCentral, że ten ruch był „poważnym bólem głowy” dla jego laboratorium Mac/UNIX.
– Prowadziłem ich sprawę w tej sprawie, ale nie robię żadnych postępów – powiedział. „Próbowałem przekonać ich, że otwarta natura Darwina w Mac OS X byłaby znacznie lepszą bazą dla ich oprogramowania, ale garnitury nie chcą słuchać. Biorąc pod uwagę znaczenie biotechnologii, jest to duża, duża strata, jeśli nie można jej odwrócić, a presja ze strony potencjalnych nabywców może pomóc w utrzymaniu wieloplatformowości ich oprogramowania.
Oprogramowanie, o którym mowa, to analiza sekwencji (która jest dostępna w kilku wersjach), a sprzęt to nowe maszyny do sekwencjonowania elektroforezy kapilarnej firmy Applied Biosystems, które do tej pory obsługują tylko NT. Wersja kliencka Sequence Analysis nadal działa na komputerach Mac (przynajmniej jak dotąd), ale występują poważne problemy z translacją plików, powiedział Colgrove.
Niektóre strony internetowe, które warto sprawdzić, to Strona komputerów Mac w chemii, Narodowe Centrum Informacji Biotechnologicznej, Prot3D, i MGC-Zakład Biologii Komórki i Genetyki Centrum Genetyki Biomedycznej Erasmus University.
Wreszcie, niektórzy ludzie wspomnieli o produktach, dla których nie mogłem znaleźć ULR, w tym DNA Inspector, Phyllip (do analizy filogenetycznej), AutoAssembler, CAD Gene i DNASIS-Mac.
Jeśli nie widzisz tutaj swojego ulubionego produktu, sprawdź Część 1 I część 2.