(For de som er nye i kolonnen, er Forward Migration vår betegnelse for selskaper som går fra Wintel-maskiner til Mac-er – eller i det minste legger til eller øker antallet Mac-er de bruker. Et videreoverføringssett er en oversikt over Mac OS-produkter for et bestemt yrke, for eksempel tannlege, regnskap osv.)
Dette er den tredje og siste delen av serien vår om bioteknisk programvare for Mac-plattformen. Produktene som er nevnt ble funnet i Apples Macintosh Products Guide (en uvurderlig ressurs som du bør sjekke ut) eller sendt til oss av MacCentral-lesere.
ImaGene fra BioDiscovery er en bildeanalyseprogramvare for DNA-brikkemarkedet. Den analyserer bilder fra de skannede DNA-matrisene, som er trykt enten på nylonmembraner eller glassbilder.
Sequencher fra Gene Codes Corp. er en programvarepakke for DNA-sekvensering og analyse. Den har vært på Mac i 10 år.
SeqPup er et biologisk sekvensredigerings- og analyseprogram. Den inkluderer lenker til nettverkstjenester og eksterne analyseprogrammer.
Signaler og systemer for Mathematica av Wolfram Research Inc. analyserer signaler, designer filtre og utfører rutinemessige signalbehandlingsoperasjoner. Innebygde verktøy forenkler oppgaver som involverer lineære transformasjoner, standard signalrepresentasjoner og visualisering. Den utfører algebraiske manipulasjoner på signaler og systemer for å utlede, analysere, forbedre og implementere nye algoritmer.
SoftPump sprøytepumpekontrollprogramvare fra Verdens presisjonsinstrumenter gir et grafisk brukergrensesnitt for å definere protokoller for å introdusere væsker til og trekke ut væsker fra laboratoriedyr.
Spike2 for Macintosh av Cambridge elektronisk design fanger hendelses- og bølgeformdata til harddisken med samtidig utgang av kontrollpulser, trinn, ramper og sinusbølger. Et fleksibelt analysemiljø tillater flere vinduer for både rå og behandlet data, med samtidig datainnsamling og analyse. Spike-behandlingsalternativer inkluderer INTH-, PSTH- og RATE-histogrammer og korrelasjoner.
StrainMan av Caesar Software LLC bidrar til å gi en godt organisert og omfattende beskrivelse av hver stammes egenskaper, enkelt innhenting av stammeinformasjon, og muligheten til å publisere stammedatabasen på Worldwide Web.
Swiss-PdbViewer er en applikasjon som gir et brukervennlig grensesnitt som lar deg analysere flere proteiner samtidig. Proteinene kan legges over hverandre for å utlede strukturelle justeringer og sammenligne deres aktive steder eller andre relevante deler.
Vector NTi er en integrert database og analyseprogram for bioteknologi og molekylærbiologi, inkludert DNA, protein, 3D-strukturdatabasesøk og mer. Den er distribuert av InforMax, som også utvikler et gratis DNA-vektorvisningsverktøy kalt Vector NTi Viewer.
Synlig menneskelig CD-samling av Forskningssystemer er en digital fotografisk referanse for å utforske menneskets anatomi, utstyre medisinske forskere, utøvere og lærere. Mer enn 20 000 bildesnitt fra en mannlig mann og en kvinne er komprimert for enkel tilgang til to CD-ROM-er.
Diverse
Vi avslutter serien vår med kommentarer og produktkunngjøringer fra MacCentral-lesere.
PE ABI lager en peptidsynthesizer som kjører på Mac. Imidlertid er det en "morsom maskin", ifølge Daniel Harrington.
"Ut fra det vi kan fortelle, går det gjennom en modem-type forbindelse (de har brukt samme programvare og grensesnitt i veldig lang tid)," sa han. "Så det er morsomt å se en nylig PMac komme med systemet - det er virkelig overkill. Uansett er denne maskinen den absolutte standarden for peptidsyntese, og er enormt nyttig for folk som studerer disse molekylene. Det sparer en enorm mengde syntesetid."
Flere mennesker er også begeistret for de nye UNIX-egenskapene til Mac OS X og hva disse vil gjøre mulig med hensyn til vitenskapelig programvare for Mac.
"For noen måneder siden prøvde jeg å kjøpe et kommersielt program for molekylær sekvensanalyse, men kjøpet Det mislyktes heldigvis da selskapet ikke kunne tilby en lokal distributør i Thailand, sa Rudi Grams MacCentral. "Nå gir Mac OS X meg sjansen til å kjøre UNIX-basert programvare som kan gjøre samme oppgave som den kommersielle pakken, men gratis."
Han oppfordrer interesserte til å ta en titt på EMBOSS programpakke. Ingen Mac OS X-kompatibilitet er nevnt, men Grams sa at han har den oppe og kjører på sin Cube, selv om det tok litt tid å få den riktig installert.
Faktisk, nå som Mac OS X er ute, har forskjellige andre pakker – tradisjonelt forbeholdt avanserte UNIX-servere – blitt portert/kompilert, blir vi fortalt. Av disse er BLAST sannsynligvis den mest kjente. Wu-blast og NCBI-blast har begge blitt portert og/eller kompilert rent fra kildekoden. Bill van Etten har også portert hmmer (som ser etter domener i en sekvens) og NCBI-verktøysettet (som også inneholder NCBI-blast). Andre pakker finner du i Softrak-programvarelageret til Stepwise, under OS X Science-delen.
Jan Morren fra Labo Moleculaire en Vasculaire Biologie sa at regnearkprogramvaren deres er DeltaGraph i stedet for Excel fordi førstnevnte er bedre til å plotte for publikasjoner.
"Noen av oss bruker fortsatt SigmaPlot, men dette har ingen støtte for nyere Mac OS-versjoner," sa hun.
Ted Sobel, sjef for programvarearkitekt Elektrisk geodesikk sa at de bruker Mac-er som base for deres tette EEG-system. Don Briggs sa at han utvikler en dataanalyseapplikasjon egnet for flowcytometri. Det er en Cocoa/Objective-C-applikasjon.
Akk, noen lesere rapporterte også om litt nedslående nyheter. Applied Biosystems (tidligere kjent som Perkin-Elmer) leverte Mac-baserte DNA-sekvensere og annen avansert molekylærbiologisk maskinvare med Mac-er for å kjøre dem og Mac-programvare for dataanalyse (inkludert DNA-sekvensering, DNA-fragmentanalyse, kvantitativ PCR og primer design). Mens de fortsatt støtter denne maskinvaren og programvaren, bruker alt deres nye utstyr Windows NT-programvare, ifølge Daniel E. Sabath, M.D., Ph.D., University of Washington Institutt for laboratoriemedisin.
Denne overgangen har vært det "største tapet de siste årene," ifølge Robin Colgrove, medisinsk forsker og mangeårig Mac- og UNIX-bruker. Han fortalte MacCentral at flyttingen var en "stor hodepine" for Mac/UNIX-laboratoriet hans.
"Jeg har vært på saken deres om dette, men kommer ikke videre," sa han. "Jeg har prøvd å gjøre dem oppmerksomme på at den åpne naturen til Darwin i Mac OS X ville være en mye bedre base for programvaren deres, men draktene vil ikke lytte. Gitt viktigheten av bioteknologi, er dette et stort stort tap hvis det ikke kan reverseres, og press fra potensielle kjøpere kan bidra til å beholde programvaren deres på tvers av plattformer.
Programvaren det er snakk om er Sequence Analysis (som kommer i flere versjoner) og maskinvaren er Applied Biosystems nye kapillærelektroforese-sekvenseringsmaskiner, som foreløpig kun kjører NT. Klientversjonen av Sequence Analysis kjører fortsatt på Mac-er (så langt uansett), men det er store filoversettelsesproblemer, sa Colgrove.
Noen nettsteder verdt å sjekke ut er Mac-er i kjemi-siden, den Nasjonalt senter for bioteknologiinformasjon, Prot3D, og MGC-avdelingen for cellebiologi og genetikksenter for biomedisinsk genetikk Erasmus University.
Til slutt, noen folk nevnte produkter som jeg ikke kunne finne noen ULR for, inkludert DNA Inspector, Phyllip (for fylogenetisk analyse), AutoAssembler, CAD Gene og DNASIS-Mac.
Hvis du ikke ser favorittproduktet ditt her, vennligst sjekk del 1 og del 2.