(Per chi è nuovo nella colonna, Forward Migration è il nostro termine per le aziende che passano dalle macchine Wintel ai Mac, o almeno aggiungono o aumentano il numero di Mac che utilizzano. Un kit di migrazione in avanti è una panoramica dei prodotti Mac OS per una particolare occupazione, come odontoiatria, contabilità, ecc.)
Questa è la terza e ultima parte della nostra serie sul software biotecnologico per la piattaforma Mac. I prodotti menzionati sono stati trovati nella Guida ai prodotti Macintosh di Apple (una risorsa inestimabile che dovresti controllare) o inviati dai lettori di MacCentral.
ImaGene di BioDiscovery è un software di analisi delle immagini per il mercato dei chip DNA. Analizza le immagini dagli array di DNA scansionati, che vengono stampati su membrane di nylon o vetrini.
Sequenziatore da Codici genetici Corp. è un pacchetto software per il sequenziamento e l'analisi del DNA. È sul Mac da 10 anni.
SeqPup è un editor di sequenze biologiche e un programma di analisi. Include collegamenti a servizi di rete e programmi di analisi esterni.
Segnali e sistemi per la matematica di Wolfram Research Inc. analizza i segnali, progetta filtri ed esegue operazioni di elaborazione del segnale di routine. Gli strumenti integrati semplificano le attività che coinvolgono trasformazioni lineari, rappresentazioni di segnali standard e visualizzazione. Esegue manipolazioni algebriche su segnali e sistemi per derivare, analizzare, migliorare e implementare nuovi algoritmi.
Software di controllo della pompa a siringa SoftPump di Strumenti di precisione del mondo fornisce un'interfaccia utente grafica per la definizione di protocolli per l'introduzione di fluidi e l'estrazione di fluidi da animali da laboratorio.
Spike2 per Macintosh di Progettazione elettronica Cambridge acquisisce dati di eventi e forme d'onda su disco rigido con uscita simultanea di impulsi di controllo, gradini, rampe e onde sinusoidali. Un ambiente di analisi flessibile consente più finestre per dati grezzi ed elaborati, con acquisizione e analisi simultanee dei dati. Le opzioni di elaborazione dei picchi includono istogrammi e correlazioni INTH, PSTH e RATE.
StrainMan di Cesare Software LLC aiuta a fornire una descrizione ben organizzata e completa delle caratteristiche di ogni ceppo, facile recupero delle informazioni sui ceppi e possibilità di pubblicare il database dei ceppi sul Worldwide Web.
Swiss-PdbViewer è un'applicazione che fornisce un'interfaccia user-friendly che consente di analizzare più proteine contemporaneamente. Le proteine possono essere sovrapposte per dedurre allineamenti strutturali e confrontare i loro siti attivi o qualsiasi altra parte rilevante.
Vector NTi è un database integrato e un programma di analisi per la biotecnologia e la biologia molecolare, inclusa la ricerca di database di DNA, proteine, strutture 3D e altro ancora. È distribuito da InfoMax, che sviluppa anche un'utilità di visualizzazione vettoriale del DNA gratuita chiamata Vector NTi Viewer.
Collezione di CD Visible Human di Sistemi di ricerca è un riferimento fotografico digitale per esplorare l'anatomia umana, fornire attrezzature a ricercatori medici, professionisti ed educatori. Più di 20.000 frammenti di immagine di un maschio e una femmina umani vengono compressi per un comodo accesso su due CD-ROM.
Varie
Concluderemo la nostra serie con commenti e annunci di prodotti da parte dei lettori di MacCentral.
PE ABI crea un sintetizzatore di peptidi che gira su Mac. Tuttavia, è una "macchina divertente", secondo Daniel Harrington.
"Da quello che possiamo dire, funziona attraverso una connessione di tipo modem (hanno usato lo stesso software e la stessa interfaccia per molto tempo)", ha detto. “Quindi è divertente vedere un recente PMac fornito con il sistema: è davvero eccessivo. Indipendentemente da ciò, questa macchina è lo standard assoluto per la sintesi dei peptidi ed è estremamente utile per le persone che studiano queste molecole. Risparmia un'enorme quantità di tempo di sintesi.
Diverse persone sono anche entusiaste delle nuove funzionalità UNIX di Mac OS X e di ciò che queste renderanno possibile rispetto al software scientifico per Mac.
“Alcuni mesi fa ho provato ad acquistare un programma commerciale di analisi di sequenze molecolari, ma l'acquisto fortunatamente fallì perché la società non poteva fornire un distributore locale in Thailandia", ha detto Rudi Grams MacCentral. "Ora Mac OS X mi dà la possibilità di eseguire software basato su UNIX che può svolgere le stesse attività del pacchetto commerciale, ma gratuitamente."
Esorta le parti interessate a dare un'occhiata al Suite di programmi EMBOSS. Non viene menzionata alcuna compatibilità con Mac OS X, ma Grams ha affermato di averlo installato e funzionante sul suo Cube, anche se ci è voluto del tempo per installarlo correttamente.
In effetti, ora che Mac OS X è uscito, vari altri pacchetti, tradizionalmente appannaggio dei server UNIX di fascia alta, sono stati portati/compilati, ci viene detto. Di questi BLAST è probabilmente il più noto. Wu-blast e NCBI-blast sono stati entrambi portati e/o compilati in modo pulito dal codice sorgente. Bill van Etten ha anche portato hmmer (che cerca i domini all'interno di una sequenza) e il toolkit NCBI (che contiene anche NCBI-blast). Altri pacchetti possono essere trovati nel file Repository software Softrak di Stepwise, nella sezione scientifica di OS X.
Jan Morren del Labo Moleculaire en Vasculaire Biologie ha affermato che il loro software per fogli di calcolo preferito è DeltaGraph piuttosto che Excel perché il primo è più efficace nel tracciare per le pubblicazioni.
"Alcuni di noi usano ancora SigmaPlot, ma questo non supporta le versioni più recenti di Mac OS", ha affermato.
Ted Sobel, capo software architect di Geodetiche elettriche ha detto che usano i Mac come base per il loro sistema EEG a matrice densa. Don Briggs ha detto che sta sviluppando un'applicazione di analisi dei dati adatta alla citometria a flusso. È un'applicazione Cocoa/Objective-C.
Ahimè, alcuni lettori hanno riportato anche notizie un po' scoraggianti. Applied Biosystems (precedentemente noto come Perkin-Elmer) ha fornito sequenziatori di DNA basati su Mac e altro hardware di biologia molecolare di fascia alta con Mac per eseguirli e software Mac per l'analisi dei dati (inclusi sequenziamento del DNA, analisi dei frammenti di DNA, PCR quantitativa e primer progetto). Sebbene supportino ancora questo hardware e software, tutte le loro nuove apparecchiature utilizzano il software Windows NT, secondo Daniel E. Sabath, M.D., Ph. D., Dipartimento di Medicina di Laboratorio dell'Università di Washington.
Questa transizione è stata la "singola più grande perdita negli ultimi anni", secondo Robin Colgrove, ricercatore medico e utente Mac e UNIX di lunga data. Ha detto a MacCentral che la mossa è stata un "grande mal di testa" per il suo laboratorio Mac/UNIX.
"Sono stato sul loro caso su questo, ma non sto facendo progressi", ha detto. “Ho cercato di dimostrare loro che la natura aperta di Darwin in Mac OS X sarebbe stata una base molto migliore per il loro software, ma i semi non vogliono ascoltare. Data l'importanza della biotecnologia, questa è una grossa perdita se non può essere invertita e la pressione dei potenziali acquirenti può aiutare a mantenere il loro software multipiattaforma.
Il software in questione è Sequence Analysis (disponibile in diverse versioni) e l'hardware sono le nuove macchine per il sequenziamento dell'elettroforesi capillare di Applied Biosystems, che finora eseguono solo NT. La versione client di Sequence Analysis funziona ancora su Mac (finora, comunque), ma ci sono grossi problemi di traduzione dei file, ha affermato Colgrove.
Alcuni siti Web che vale la pena controllare sono i Mac nella pagina Chimica, IL Centro nazionale per le informazioni sulle biotecnologie, Prot3D, e il MGC-Dipartimento Biologia Cellulare e Centro di Genetica Biomedica Università Erasmus.
Infine, alcune persone hanno menzionato prodotti per i quali non sono riuscito a trovare ULR, inclusi DNA Inspector, Phyllip (per l'analisi filogenetica), AutoAssembler, CAD Gene e DNASIS-Mac.
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