Apple telah melembagakan program pengganti iPod nano generasi pertama, yang mungkin berisi baterai cacat yang dapat menjadi terlalu panas dan menyebabkan kerusakan. Ini adalah hasil investigasi yang dimulai tiga tahun lalu di Jepang, setelah iPod nano mulai menyala selama proses pengisian. Laporan selanjutnya termasuk insiden di mana iPod yang terlalu panas membakar kertas dan anyaman tikar jerami.
Unit yang terpengaruh termasuk yang dijual antara September 2005 dan Desember 2006; Apple menyediakan formulir daring tempat Anda dapat memasukkan nomor seri nano dan melihat apakah Anda memenuhi syarat untuk mendapatkan unit pengganti. Jika unit Anda ditanggung, Anda dapat mengirimkannya dan Anda akan menerima model pengganti dalam enam minggu. Perusahaan mencatat bahwa iPod yang dipersonalisasi akan diganti dengan unit yang tidak dipersonalisasi.
Apple menerbitkan pernyataan pada tahun 2008, menghubungkan kesalahan dengan baterai dari pemasok tertentu; perusahaan mengatakan bahwa masalah tersebut hanya terjadi "dalam kasus yang sangat jarang" dan telah menerima laporan kurang dari 0,01 persen unit yang benar-benar mengalami masalah tersebut. Namun, halaman baru untuk program penggantian mengakui bahwa kemungkinan insiden meningkat seiring bertambahnya usia baterai.
iPod nano pengganti menggunakan garansi 90 hari sejak tanggal servis. Apple merekomendasikan pengguna mencadangkan data iPod mereka sebelum mengirimkannya. Program ini mengikuti program pengganti serupa untuk kabel daya MagSafe yang berjumbai, yang dihasilkan dari penyelesaian class action.